ご返信ありがとうございます。
御指摘のとおり、Windows2000 には shutdown.exe が入っていませんでした。
Vista でも試していて、コマンドプロンプトから再起動が掛って、Webmin から再起動が掛からなかったので、Windows2000 はコマンドプロンプトでは試していなかったです。

Resource Kit から、shutdown.exe を用意したところ、
オプションスイッチが違うので（- と / の違いとか）
Webmin のコマンド例では、コマンドプロンプトからは再起動がかかりません。Webmin からも再起動が掛りません。
webmin\init の中のファイルを見たのですがよくわかりませんでした。

試しに、XP にインストールしてみたところ、動作しました！

残った問題は、
１．Windows2000 の shutdown.exe のオプションスイッチの違い
２．Vista　で動かない
という感じです。よろしくお願い致します。

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config-windows
というファイルが、webmin\initの下にあるはずです。

grep shutdown.exe * したらすぐわかりましたよ。

なかみはこうです。

reboot_command=shutdown.exe -r -t 1 -f
shutdown_command=shutdown.exe -s -t 1 -f
status_check=0
order=0
sort_mode=0
no_chkconfig=0

あなたのＯＳ環境に合わせて該当箇所を書き換えてください。
ただしいものがわかりましたら、たとえばVista用の設定ファイル名をconfig-windows-vistaのように増やして、インストール時にきちんと切り替わるように改善してほいい、というように作者に依頼すれば、対応してくれるでしょう。

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おっしゃる通り、config-windows に書いてありました。
おハズカシイ。

しかしながらこのファイルを変更しても、以前のままの、
コマンドスイッチが現れ、再起動することができません。
original file は、ごみ箱に入れた後、消去し、
OS を再起動して後でもダメです。

感覚的に、Web Browser に残っているキャッシュが
悪さをして更新がされないような感じです。
ただ、サーバーサイドの、perl cgi なので...
一応、IE のキャッシュをクリアしましたが、
これでも変わらず、です。

よろしくお願いいたします。

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どういう手順でどのパスのどのファイルをどう更新したのでしょうか。

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c:\webmin\init の中の、config-windows を
config-windows.orig にコピーし、
config-windows を、K2Editor にて、

reboot_command=Shutdown.exe /L /R /T:1 /Y /C

という感じで変更したところ、動作せず。
webmin 再起動、OS 再起動でも動作せず。
config-windows.orig　を削除しても動作せず、です。

動作せず　というのは
コマンド shutdown.exe -r -t 1 -f を使用して再起動中..
を現われて、スイッチの変更が反映されていない、かつ、
reboot　もかからない、という意味です。

webmin とは別の方法を検討します。
皆様、どうもありがとうございました。

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ソースコードから見ると、そのメッセージがでるということは、編集された結果が使用されていません。

init/configというファイルに設定がコピーされて使用される仕様だったとおもいます。こちらのファイルも確認するといいでしょう。

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